جينبنك

تعريفات غير مكتملة

إضافةً إلى ذلك، قيمت ورقة نشرت في مجلة علم الأحياء الدقيقة السريرية نتائج تسلسل الجينات 16S rRNA التي تم تحليلها مع جينبنك بالاقتران مع قواعد البيانات العامة الأخرى المتاحة مجانًا والتي يتم التحكم فيها بالجودة على الويب، مثل EzTaxon -e (و BIBI (قواعد بيانات / bibi / ). أظهرت النتائج أن التحليلات التي أجريت باستخدام جينبنك مع EzTaxon -e (kappa = 0.79) كانت أكثر تمييزية من استخدام جينبنك (kappa = 0.66) أو قواعد البيانات الأخرى وحدها.

من جهة ثانية، قواعد البيانات العامة التي يمكن البحث فيها باستخدام أداة البحث عن المحاذاة المحلية الأساسية (NCBI BLAST) التي يستعملها المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية، تفتقر إلى تسلسل مراجعة النظراء لسلالات النوع وتسلسل السلالات غير النوعية. من ناحية أخرى، في حين يحتمل أن تحتوي قواعد البيانات التجارية على بيانات تسلسل مفلترة عالية الجودة، هناك عدد محدود من التسلسلات المرجعية.

التقديمات

من جهة ثانية، يمكن إرسال التسلسلات الأصلية فقط إلى جينبنك. يتم تقديم الطلبات المباشرة إلى جينبنك باستخدام BankIt ، وهو نموذج مستند إلى الويب، أو برنامج التقديم المستقل، Sequin . عند استلام تقديم التسلسل، يقوم موظفو جينبنك بفحص أصالة البيانات وتعيين رقم انضمام للتسلسل وإجراء فحوصات ضمان الجودة. تصدر فيما بعد التقديمات إلى قاعدة البيانات العامة، حيث يمكن استردادها عن طريق أنتريه أو تنزيلها بواسطة بروتوكول نقل الملفات. المقدمة الأكبر من تسلسل وسم معبر عنه (EST)، موقع-التسلسل الموسوم (STS)، الجينوم المسح تسلسل (الشاباك)، وعالية الإنتاجية الجينوم تسلسل وغالبا ما قدمت بيانات (HTGS) من خلال مراكز التسلسل على نطاق واسع. تقوم مجموعة عمليات الإرسال المباشر لـ جينبنك كذلك بمعالجة تسلسل الجينوم الميكروبي الكامل.

تجميع التسلسلات

• قاعدة بيانات لتسلسل البروتين ومعلوماته الوظيفية يونيبروت
• قاعدة بيانات مرجعية RefSeq — قاعدة بيانات التسلسل المرجعي
• Geneious — يتضمن أداة تقديم جينبنك
• البيانات العلمية المفتوحة
• المراجع
• *
• روابط خارجية
• جينبنك
• سجل تسلسل مثال، لبيتا الهيموجلوبين

التاريخ

إضافةً إلى ذلك، قام والتر غواد من مجموعة البيولوجيا النظرية والفيزياء الحيوية في مختبر لوس ألاموس الوطني وآخرون بإنشاء قاعدة بيانات تسلسل لوس ألاموس في عام 1979، والتي بلغت ذروتها في عام 1982 بإنشاء جينبنك العام. تم توفير التمويل من قبل معاهد الصحة الوطنية، ومؤسسة العلوم الوطنية، ووزارة الطاقة، ووزارة الدفاع. تعاون LANL في جينبنك مع شركة بولت وبرانيك ونيومان، وبحلول نهاية عام 1983 تم تخزين أكثر من 2000 تسلسل فيه.

وفي هذا الصدد، في منتصف الثمانينيات، أدارت شركة المعلوماتية الحيوية الاستعلامية في جامعة ستانفورد مشروع جينبنك بالتعاون مع LANL. كواحد من أقدم مشاريع مجتمع المعلوماتية الحيوية على الإنترنت، بدأ مشروع جينبنك مجموعات أخبار BIOSCI / Bionet لتعزيز اتصالات الوصول المفتوح بين علماء الأحياء الحيوية. خلال عام 1989 إلى عام 1992، انتقل مشروع جينبنك إلى المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية المنشأ حديثًا.

نمو

علاوةً على ذلك، تتضمن قاعدة بيانات جينبنك مجموعات بيانات إضافية يتم إنشاؤها ميكانيكيًا من جمع بيانات التسلسل الرئيسي، وبالتالي يتم استبعادها من هذا العدد.

علاوةً على ذلك، تشير ملاحظات إصدار جينبنك للإصدار 162.0 (أكتوبر 2007) إلى أنه «من عام 1982 حتى الوقت الحاضر، تضاعف عدد القواعد في جينبنك على وجه التقريب كل 18 شهرًا». ، إصدار جينبنك 232.0 يحتوي على 213,383,758 موقعًا، 329,835,282,370 قاعدة، من 213,383,758 تسلسلًا تم الإبلاغ عنه.

BankIt

جينبنك وRefSeq وTPA وUniProt: ما هو الاسم؟

إضافةً إلى ذلك، Sequin — أداة برمجية مستقلة طورتها NCBI لتقديم وتحديث الإدخالات إلى قاعدة بيانات تسلسل جينبنك.

EMBOSS — مجاني مفتوح المصدر لعلم الأحياء الجزيئي