NAMD

على سبيل التعريف، الديناميكيات الجزيئية النانوية وهي اختصار (NAMD). هو برنامج كمبيوتر لمحاكاة الدينميات الجزئية ، وتمت كتابتة باستخدام نموذج البرمجة المتوازية (Charm++ ) تمت الملاحظة أن لديه كفاءة متوازية وغالبا ما يستعمل لمحاكاة الأنظمة الكبيرة (ملايين الذرات). تم العمل على تطويرة بالتعاون مع مجموعة الفيرياء الحيوية النظرية والحاسوبية (TCB) ومختبر البرمجة الموازية (PPL) في جامعة إلينوي في أوربانا شامبين.

من جهة ثانية، الآن يتوفر نامد كأكبر برنامج مجاني للإستخدام غير التجاري من قبل الأفراد والمؤسسات الأكادمية والشركات لكن للإستخدامات التجارية الداخلية فقط.

وفي هذا السياق، قُدم بواسطة (Nelson et al) في عام 1995. كرمز ديناميكي جزيئي متوازي يتيح المحاكاة التفاعلية عن طريق ربطه برمز التصورVMD . تتطورت نامدا منذ ذلك الحين ، حيث أضافت العديدد من الميزات وقامت بتوسيع نطاق يتجاوز 500000 نواة معالجة .

ومن جهة أخرى، تحتوي نامد على واجهة لحزم الكم الكيميائي لـ (ORCA و MOPAC) فضلًا عن واجهة تم كتابة الكثير من الحزم الكم الكيميائية الأخرى. يتجميع الديناميكات الجزئية المرئية (VMD) و (QwikMD) جنبا إلى جنب ، تم الوصول وتوفير واجهة النامدا وعمليات المحاكاة وإدارة جودة QM/MM فتمت المحاكاة بشكل متكامل وشامل وقابل للتخصيص وسهل الأستخدام.