العلاج الجراحي هو الرئيسي للناسور الشرجي باستئصال الناسور والأنسجة المحيطة وتركه مفتوحاً ليلتئم، أو فتح الناسور وشقه طولياً حتى يختفي الالتهاب ويشفى. وهذه الطريقة تصلح للناسور السفلي ، اما الناسور العلوي المتداخل في العضلة المتحكمة في البراز يتم تركيب خيط حريري جراحي يسمى (Seton) لستة أسابيع ،عمل الخيط في هذه المدة هو القطع التدريجي في العضلة دون السماح للعضلة بالانفصال وفي نفس الوقت يسمح ويعطي الوقت للأنسجة المحيطة بالالتئام عن طريق التليف وهنا يأتي حل العلاج بالليزر الضوئى الذي يستخدم شعاعا ضوئيا من الليزر يمر داخل الناسور حتى يكويه ويشفى. نسبة النجاح هي بين 71- 82 % واحتمالية العودة قائمة