جينوكاد

GenoCAD.org

Project page on سورس فورج.

الأساس النظري

وصلات خارجية

المراجع

وفي هذا السياق، يعود أساس جينوكاد إلى نظرية اللغات الرسمية. وعلى نحو خاص، تشكل قواعد التصميم التي تصف كيفية جمع أنواع مختلفة من أجزاء علوم النحو الخالية من السياق.

السمات

علاوةً على ذلك، إدارة التسلسلات الجينية: الغرض من هذه الفئة هو مساعد ة المستعملين على تحديد الأجزاء اللازمة، في إطار مجموعات كبيرة من الأجزاء الوراثية، لمشروع ما وتنظيمها في المكتبات المحددة للمشروع.

إضافةً إلى ذلك، تصدير التصاميم: يمكن تصدير التصاميم باستخدام تنسيقات الملفات القياسية (مثلًا، GenBank أو tab delimited أو فاستا).

وفي السياق ذاته، مكتبات الأجزاء: يتم تنظيم مجموعات الأجزاء في مكتبات. في بعض الحالات تتوافق مكتبات الأجزاء مع الأجزاء المستوردة من مصدر واحد مثل قاعدة بيانات تسلسل آخر. وفي حالات أخرى، تتوافق المكتبات مع الأجزاء المستعملة لمشروع تصميم معين. ويمكن نقل أجزاء من مكتبة إلى أخرى من خلال منطقة تخزين مؤقتة تُسمى العربة (المماثلة لعربات التسوق والتجارة الإلكترونية).

علاوةً على ذلك، أداة التصميم بالإشارة والنقر: يرشد هذا المعالج المستعمل من خلال سلسلة من قرارات التصميم التي تحدد بنية التصميم واختيار الأجزاء المدرجة في التصميم.

ومن ناحية أخرى، جمع التسلسلات في بنى وراثية: يتمثل الغرض من هذه الفئة من السمات في تبسيط عملية جمع الأجزاء الوراثية في تصميمات متوافقة مع إستراتيجية تصميم محددة.

من جهة ثانية، يمكن تنظيم السمات الرئيسة لتطبيق جينوكاد إلى ثلاث فئات رئيسة.

من جهة ثانية، البحث عن الأجزاء: يمكن للمستعملين البحث في قاعدة بيانات الأجزاء باستخدام محرك البحث لوسين. وتكون وسائط البحث الأساسية والمتقدمة متوفرة. ويمكن للمستعملين تطوير استعلامات معقدة وحفظها لإعادة استخدامها في المستقبل.

كذلك، الأجزاء الوراثية: تنطوي الأجزاء على معرف مميز واسم ووصف أكثر عمومية. كذلك تنطوي الأجزاء على تسلسل نووي لأجزاء الدي إن إيه. وترتبط الأجزاء بـعلم النحو والصرف ويتم تخصيصها لفئة أجزاء مثل المنشط أو الجين وما إلى ذلك.

وعلى صعيد آخر، مساحة عمل المستعمل: يمكن للمستعملين تخصيص مساحة العمل الخاصة بهم من خلال إضافة أجزاء لقاعدة بيانات جينوكاد وإنشاء مكتبات مخصصة تتوافق مع مشروعات تصميم محددة وحفظ التصاميم على مراحل مختلفة من التطوير.

وفي السياق ذاته، استيراد/تصدير الأجزاء: يمكن استيراد الأجزاء وتصديرها بشكل فردي أو على شكل مكتبات كاملة باستخدام تنسيقات الملفات القياسية (مثلًا، tab delimited أو فاستا).

من جانب آخر، إدارة التصاميم: يمكن حفظ التصاميم في مكان عمل المستعمل. ويتم تحديث حالات التصميم بصفة منتظمة لتحذير المستعملين من نتائج تحرير الأجزاء على تصاميم تم حفظها مسبقًا.

جينوكاد

وعلى صعيد آخر، هو تطبيق ويب مفتوح المصدر لتصميم بنى الحمض الريبي النووي المنزوع الأكسجين الخاصة بـالهندسة الوراثية من خلال استخدام المنهجية القائمة على القواعد. ويُعتبر جينوكاد كذلك تطبيقًا لـلتصميم بمساعدة الحاسوب (CAD) خاصًا بـ البيولوجيا التركيبية.