عقدة كاذبة

الأهمية البيولوجية

من جهة ثانية، الكثير من العمليات البيولوجية الهامة تعتمد على جزيئات الحمض النووي الريبي التي تشكل العقدة الكاذبة غالبا ما تكون في الرنا ذو بناء ثالثي ممتد. مثلًا. يحتوي على مكون الحمض النووي الريبي في التيلوميراز يحوي على عقدة كاذبة لها أهمية بالغة في نشاطه. والكثير من الفيروسات تستخدام بنية العقدة الكاذبة لتشكيل تكرار شبيه بالحمض الريبي النووي النقال tRNA حتى يمكنها التسلل إلى الخلية المصابة.

Rfam entry for Pseudoknots

رابط خارجي

التنبؤ والتعرف

في هذا الإطار، التكوين الهيكلي للعقدة الكاذبة لا يمكن التنبؤ به جيداً عبر الكشف الحيوي-الحاسوبي (bio-computational detection) نظرا لحساسية البنية وطبيعة التداخل. الاقتران القاعدي (base pairing) في العقدة الكاذبة ليس مستقراً بشكل جيد، بمعنى أن أزواج القواعد تتداخل الواحدة في الأخرى في الموضع التسلسلي. وهذا يجعل وجود العقدة الكاذبة في تسلسل الحمض النووي الريبي RNA صعبة التنبؤ عبر الطرق القياسية المعروفة من البرمجة الديناميكية، والتي تستعمل نظام التسجيل التكراري ’recursive scoring system‘ في تحديد الاقتران القاعدي وبالتالي، لا يمكن الكشف عن أغلب الأزواج القاعدية غير المتداخلة. الأسلوب الأحدث والذي يسمى ’stochastic context-free grammars‘ يعاني من نفس المشكلة. وبالتالي، فإن أساليب التنبؤ بالبنية الثانوية المعروفة مثل Mfold و Pfold لا يمكنها التنبؤ بهياكل العقدة الكاذبة عند الاستعلام عن التسلسل، بل ستحدد فقط الساق الأكثر استقرارا من العقدة الكاذبة.

ومن جهة أخرى، من الممكن التعرف على فئة محدودة من العقدة الكاذبة باستخدام البرمجة الديناميكية. أسلوب البرمجة الديناميكية شامل ولكن يحتاج زمن تنفيذ أطول يزداد بطول السلسلة ليصبح غير عملي مع السلاسل الطويلة جدا.