كرر ترادفي

VNTRs - معلومات وأمثلة متحركة

قواعد بيانات:

الآلية

تشمل الآليات الأخرى التقاطع غير المتكافئ وتحويل الجينات.

وعلى صعيد آخر، يمكن أن تحدث التكرارات الترادفية من خلال آليات مختلفة. مثلًا، إنزلاق خاطئ للشريط المزدوج (SSM)، (المعروف كذلك باسم انزلاق النسخ المتماثل )، فهو طفرة تحدث أثناء تكرار الحمض النووي. وهو ينطوي على تمسخ وإزاحة شريط الحمض النووي، مما يؤدي إلى سوء إقران القواعد التكميلية. يعد الاختلال في الشريط المنزلق أحد التفسيرات لأصل وتطور تسلسلات الحمض النووي المتكررة.

يتكرر جنبا إلى جنب في الجينومات الرئيسية

• ادوات البحث:
• TAPO: طريقة مشتركة لتحديد التكرارات الترادفية في هياكل البروتين
• جنبا إلى جنب يكرر الباحث
• مريبس
• نجمة
• شظية
• TRED - يتكرر الترادفي على مسافة التحرير
• جنبا إلى جنب

ATTCG ATTCG ATTCG

حيث يتم تكرار تسلسل ATTCG ثلاث مرات.

يكرر مكتشف الأقمار الصناعية الصغيرة

JSTRING - بحث Java عن التكرارات الترادفية في الجينومات

وفي هذا الصدد، Phobos - أداة بحث متكررة ترادفية للتكرارات المثالية وغير الكاملة - يعتمد الحد الأقصى لحجم النمط فقط على القوة الحسابية

من جهة ثانية، UGENE - ترادف مفتوح المصدر فائق السرعة وفعال في الذاكرة يكرر تنفيذ أداة البحث.

ومن جهة أخرى، TRAL: مكتبة التعليقات التوضيحية المتكررة الترادفية - أداة تنبؤ وصفية مع تصفية إحصائية، مع مجموعة من الوظائف لتكرار التعليقات التوضيحية والتحليلات

TRDB - قاعدة البيانات المتكررة الترادفية

الكائنات الحية الدقيقة جنبا إلى جنب يكرر قاعدة البيانات

قاعدة بيانات متكررة ترادفية قصيرة

الاستخدامات

كذلك، توصف التكرارات الترادفية المتداخلة بأنها أطوال وحدات متكررة تكون متغيرة أو غير معروفة وتتضمن في كثير من الأحيان تسلسلًا هرميًا غير متماثل لوحدات متكررة أصغر. يتم إنشاء هذه التكرارات من مجموعات متميزة من المونومرات ذات الطول المتماثل. تم إنشاء خوارزمية تُعرف باسم NTRprism من قبل الباحثين في معهد أوكسفورد نانوبور تكنولوجي لتمكين شرح الهياكل المتكررة في مصفوفات الدنا ذات ساتليت مبني. تم تطوير خوارزمية "إن تي آر بريزم" للعثور على دورية تكرار ساتليت.

إضافةً إلى ذلك، يصف التكرار الترادفي النمط الذي يساعد في تحديد السمات الموروثة للفرد.

• أنظر كذلك
• ميكروساتليت
• ميني ساتليت
• تكرار متقطع
• ساتل الحمض النووي
• المراجع

علاوةً على ذلك، ربطت الدراسات التي أجريت في عام 2004 بين اللدونة الجينية غير العادية للكلاب والطفرات في التكرارات الترادفية.

من جهة ثانية، يمكن أن تكون التكرارات الترادفية مفيدة جدًا في تحديد النسب. تُستعمل التكرارات الترادفية القصيرة في بعض اختبارات الحمض النووي للأنساب. يتم فحص الحمض النووي من الميكروساتليت داخل الحمض النووي الكروموسومي. ويمكن تحديد النسب من خلال التشابه في هذه المناطق.

وعلى صعيد آخر، التكرارات الترادفية متعددة الأشكال (المعروفة باسم VNTRs) موجودة كذلك في الكائنات الحية الدقيقة ويمكن استخدامها لتتبع أصل تفشي المرض. يُطلق على الاختبار المقابل الذي يتم فيه كتابة مجموعة من VNTRs لتوصيف السلالة في أغلب الأحيان اسم MLVA (تحليل متعدد المواقع VNTR).

وفي هذا السياق، في مجال علوم الكمبيوتر يمكن اكتشاف التكرارات الترادفية في السلاسل (مثلًا، تسلسلات الحمض النووي) بكفاءة باستخدام تفرعات لاحقة أو مصفوفات لاحقة.

المصطلحات

من جهة ثانية، عندما يكون رقم نسخة وحدة التكرار متغيرًا في المجموعة التي يتم أخذها في الاعتبار، فإنه يطلق عليه تكرار ترادفي برقم متغير (VNTR). يصنف MeSH التكرارات الترادفية ذات الأرقام المتغيرة بأنها ساتليت صغير أو "ميني ساتليت".

إضافةً إلى ذلك، وعندما يتكرر ما بين 10 إلى 60 نيوكليوتيدات، يطلق عليه اسم القمر الصناعي الصغير. تُعرف تلك التي تحتوي على عدد أقل باسم ميكروساتيليت أو التكرارات الترادفية القصيرة.

ومن ناحية أخرى، عند وجود تكرار اثنين من النيوكليوتيدات، يسمى ذلك تكرار دينوكليوتيدات (مثلًا: ACACACAC. . . ). يؤثر عدم استقرار الميكروساتليت في سرطان القولون الوراثي غير السليلي بشكل شائع في تلك المناطق.

وفي السياق ذاته، عندما تتكرر ثلاث نيوكليوتيدات، يطلق عليه تكرار ثلاثي النوكليوتيدات (مثلًا: CAGCAGCAGCAG...)، ويمكن أن يؤدي هذا الشذوذ في هذه المناطق إلى اضطرابات تكرار ثلاثي النوكليوتيدات.