كلوستال

محاذاة التسلسل المتعدد

• هناك ثلاث خطوات رئيسية:
• إنشاء محاذاة عشوائية.
• إنشاء شجرة المَحْتِد أو ما تعرف بشجرة التطور (أو استخدام شجرة عرّفها المستعمل).
• استخدام شجرة التطور لإكمال سلسلة المحاذاة.

علاوةً على ذلك، كل ما ذكر يتم تلقائياً بمجرد اختيارك «إنشاء محاذاة كاملة»، وهناك خيارات أخرى وهي «إنشاء محاذاة من شجرة الدليل» و «إنشاء شجرة دليل فقط».

الإعداد

وفي هذا الصدد، يستطيع المستعملون محاذاة التسلسلات باستخدام الإعداد الافتراضي ولكن قد يكون من المفيد أحياناً تخصيص مدخلات المستعمل، والمدخلات الأساسية في توسيع المسافة وتمديدها.

انظر كذلك

معلومات

علاوةً على ذلك، يستعمل الموقع في التطبيقات الحاسوبية (bioinformatics), بحيث إذا كنت تمتلك الكثير من السلاسل الجينية التي تحتوي على مواقع متداخلة في ما بينها يقوم بتحديد المناطق المتشابهة بين الكثير من السلاسل الجينية. أنشىء هذا الموقع عام 1992 وطُور في سنة 1994، وهو من أكثر المواقع المستعملة في ترتيب الكثير من السلاسل الجينية وذلك لأنه سريع ودقيق بما فيه الكفاية.

برمجيات محاذاة التسلسل

• تي بن (T-Coffee)
• محاذاة إم (Align-m)
• ديالاين تي (DIALIGN-T)
• ديالاين تي اكس (DIALIGN-TX)
• جاليجنير (JAligner)
• مافت (MAFFT)
• مافيد (MAVID)
• ماسل (MUSCLE)
• بروبكونس (ProbCons)
• المراجع

الإدخال والإخراج

ومن ناحية أخرى، أما صيغ الإخراج فقد تشمل واحدة أو أكثر من الصيغ التالية: كلوستال أو NBRF/PIR أو GCG/MSF أو PHYLIP أو GDE أو NEXUS.

كذلك، يقبل هذا البرنامج صيغ إدخال مختلفة تشمل NBRF/PIR وفاستا و EMBL/Swissport وكلوستال و GCC/MSF و GCG9 RSF و GDE.