مخطط نقطي

التاريخ

إضافةً إلى ذلك، طريقة واحدة لتصور التشابه بين اثنين من تسلسل البروتين أو الحمض النووي هو استخدام مصفوفة التشابه، والمعروفة باسم مؤامرة نقطة. تم إدخال هذه من قبل جيبس وماكنتاير في عام 1970 وهي مصفوفات ثنائية الأبعاد التي لها تسلسل من البروتينات التي تتم مقارنتها على طول المحاور العمودية والأفقية. للحصول على تمثيل بصري بسيط للتشابه بين تسلسلين، يمكن أن تكون الخلايا الفردية في المصفوفة مظللة باللون الأسود إذا كانت المخلفات متطابقة، بحيث تظهر شرائح تسلسل مطابقة على شكل خطوط قطري عبر المصفوفة.

JDotter - Java version of Dotter

من جهة ثانية، lastz and laj, programs to prepare and visualize genomic alignments.

كذلك، Dotplot, easy (educational) HTML5 tool to generate dot plots from RNA sequences

برمجيات لإنشاء رسم بياني وتحديد نقطة عليه

Dotter - Stand alone program to generate dot plots.

• Genomdiff – An open source Java dot plot program for viruses.
• Genomdiff – An open source Java dot plot program for viruses.
• Gepard - Dot plot tool suitable for even genome scale.
• ANACON – Contact analysis of dot plots.

وعلى صعيد آخر، Dotlet – Provides a program allowing you to construct a dot plot with your own sequences.

كذلك، dotplot - R package to rapidly generate dot plots as either traditional or ggplot graphics.

dotmatcher - Web tool to generate dot plots.

وفي السياق ذاته، General introduction to dot plots with example algorithms and a software tool to create small and medium size dot plots.

UGENE Dot Plot viewer – Opensource dot plot visualizer.

من جهة ثانية، SynMap - An easy to use, web-based tool to generate dotplots for many species with access to an extensive genome database. Offered by the comparative genomics platform CoGe.

seqinr - R package to generate dot plots.

التفسير

من جهة ثانية، وتقارن قطع النقاط بالتسلسلين بتنظيم تسلسل واحد على المحور السيني، والآخر على المحور الصادي من المؤامرة. عندما تتطابق بقايا كل تسلسل في نفس الموقع على المؤامرة، يتم رسم نقطة في موقف المقابلة. لاحظ أن التتابعات يمكن أن تكون مكتوبة إلى الوراء أو إلى الأمام، ولكن يجب كتابة تسلسل على كلا المحاور في نفس الاتجاه. لاحظ كذلك أن اتجاه التتابعات على المحاور سيحدد اتجاه الخط على مؤامرة النقطة. مرة واحدة وقد تم رسم النقاط، فإنها سوف تتحد لتشكيل خطوط. سوف تقارب تسلسل التشابه تحديد مدى قرب الخط قطري هو ما يظهر الرسم البياني منحنى يدل على وجود علاقة مباشرة. وتتأثر هذه العلاقة ببعض سمات التتابع مثل تحولات الرتل، والتكرار المباشر، والتكرار المقلوب. وتشمل تحولات الإطار الإدراج، الحذف، والطفرات. وجود واحد من هذه الميزات، أو وجود ميزات متعددة، سوف يسبب لخطوط متعددة ليتم رسمها في إمكانية مختلفة من تكوينات، اعتمادا على الميزات الموجودة في تسلسل. وهناك ميزة من شأنها أن تسبب نتيجة مختلفة جدا على مؤامرة نقطة هو وجود منطقة / المناطق منخفضة التعقيد. المناطق منخفضة التعقيد هي المناطق في تسلسل مع عدد قليل فقط من الأحماض الأمينية، والذي بدوره، يسبب التكرار داخل تلك المنطقة الصغيرة أو محدودة. وعادة ما توجد هذه المناطق حول القطر، وقد لا يكون لها مربع في منتصف مؤامرة النقطة.

من جهة ثانية، يمكن استخلاص بعض فكرة التشابه في تسلسلين من عدد وطول الشرائح المطابقة المبينة في المصفوفة. ومن الواضح أن البروتينات المتطابقة لها خط قطري في وسط المصفوفة. إن الإدخال والحذف بين التتابعات يؤدي إلى حدوث اضطرابات في هذا القطر. مناطق التشابه المحلي أو المتتاليات المتكررة تؤدي إلى مزيد من المباريات القطرية إلى جانب قطري قطري. طريقة واحدة للحد من هذا الضجيج هو فقط الظل تشغيل أو «توبلز» من المخلفات، مثلًا. (3) يتوافق مع ثلاثة مخلفات في صف واحد. وهذا فعال لأن احتمال مطابقة ثلاثة مخلفات في صف واحد عن طريق الصدفة هو أقل بكثير من المباريات واحد بقايا. ويمكن أن ينظر إليه من أرقام 3.3h، ج أن عدد قطري يعمل في المصفوفة قد انخفض بدرجة كبيرة من خلال البحث عن 2-توبلز أو 3-توبلز.